In maart, net toen de eerste serie op het punt stond te worden uitgezonden, werd de maker van X-Men '97, Beau DeMayo, ontslagen. Op dat moment was er geen verklaring voor het ontslag, maar gezien hoe plotseling het voelde, waren er velen die geloofden dat er iets verborgen werd gehouden.
Volgens een onderzoek van The Hollywood Reporter kwam het ontslag van DeMayo voort uit een intern onderzoek door Marvel, dat "flagrante bevindingen " ontdekte. Bronnen dicht bij The Hollywood Reporter beweren dat het seksueel wangedrag was waardoor DeMayo werd ontslagen.
Er is nog niets officieels dat dit bewijst, en het lijkt erop dat Marvel en DeMayo mogelijk een akkoord hebben bereikt na zijn vertrek. Zijn krediet is verwijderd uit seizoen twee, maar hij tweet nog steeds af en toe over de show.