Veel van de 21 games die op de SNES Classic Mini staan geinstalleerd ondersteunen multiplayer en daarom heeft Nintendo ook twee controllers bij de mini-console toegevoegd. Officieel zijn er negen multiplayergames te vinden in het hoofdmenu, maar enkele games bevatten ook een verborgen multiplayeroptie.
De SNES Mini bevat een twee speler-modus voor Yoshi's Island en Earthbound, twee singleplayergames. GameXplain legt uit hoe deze vrij te spelen zijn.
In Yoshi's Island is dit te doen door de Select-knop op de 'worldmap' ingedrukt te houden en X, X, Y, B, A in te drukken. Hiermee opent zich een nieuw Mini Battles-menu met daarin zeven mini-games voor twee spelers. In Earthbound is dit wat simpeler. Door een twee controller aan te sluiten tijdens de game kunnen beide spelers de 'party' besturen.